El detective más famoso de Japón, el joven Shinichi Kudo, presencia un intercambio sospechoso entre unos hombres vestidos de negro. Tras descubrirlo, Shinichi es atacado por uno de esos mafiosos, y le administran un veneno con el fin de matarlo. Sin embargo, el líquido tiene un efecto inesperado: el cuerpo de Shinichi pasa a convertirse en el de un niño de 7 años. Ahora, haciéndose llamar
Conan Edogawa y ocultando su verdadera identidad se traslada a casa su padre: el detective Kogoro Mouri.
Conan utilizará su secreto para resolver los casos de su padre sin que nadie losepa.