Cada año, la Academia de élite Hope’s Peak matricula únicamente a los 14 mejores estudiantes… más uno elegido al azar. Makoto Naegi es esa afortunada persona, ¡O eso es lo que él cree! Nada más entrar en su clase se da cuenta de que está compuesta por gente bizarra y excéntrica, bajo las implacables normas del director, un oso Teddy robot llamado Monokuma. Esto es así: la única forma de graduarse de Hope’s Peak es no sólo asesinando a otro estudiante sino que, además, no ser descubierto, ya que cada asesinato es examinado por un tribunal y si descubre al culpable, ¡lo ejecutan!